Το Π.Μ.Σ. διαρθρώνεται σε τέσσερα (4) εξάμηνα. Τα μαθήματα που διδάσκονται ανά εξάμηνο καθώς και οι πιστωτικές μονάδες/μάθημα παρουσιάζονται στον παρακάτω πίνακα. Σημειώνεται ότι κάθε εξάμηνο αντιστοιχεί σε τριάντα (30) ECTS.

Ως επίσημη γλώσσα διδασκαλίας στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών ορίζεται η ελληνική. Η γλώσσα διδασκαλίας του κάθε μαθήματος μπορεί να είναι η αγγλική ανάλογα με τη σύνθεση του ακροατηρίου (π.χ. αμιγώς ελληνόφωνο ή με παρουσία αγγλόφωνων φοιτητών/-τριών) ή τυχόν άλλες ιδιαιτερότητες και απαιτήσεις του μαθήματος. Η συγγραφή της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας μπορεί να λάβει χώρα είτε στην ελληνική, είτε στην αγγλική γλώσσα.

Ανάλογα με το γνωστικό αντικείμενο των υποψηφίων που θα επιλεγούν για το Π.Μ.Σ., η Σ.Ε. δύναται να αποφασίσει τη διεξαγωγή υποστηρικτικής διδασκαλίας Μαθηματικών.

A΄ εξάμηνο (Σύνολο ECTS 30)

• Ανάλυση διεργασιών Υ (12 ECTS)
• Εξόρυξη δεδομένων και αριθμητική ανάλυση Υ (7 ECTS)
• Σχεδιασμός Βιομηχανικών Μονάδων Παραγωγής Τροφίμων Υ  (7 ECTS)
• Τεχνολογία Λειτουργικών Τροφίμων Υ (4 ECTS)

Β΄ εξάμηνο (Σύνολο ECTS 30)

• Βιο-Φαρμακευτική Τεχνολογία Υ (7,5 ECTS)
• Διεργασίες παραγωγής προηγμένων βιοϋλικών Υ (7,5 ECTS)
• Σχεδιασμός Βιομηχανικών Μονάδων Παραγωγής Φαρμάκων Υ (7,5 ECTS)
• Διοίκηση Παραγωγικών Συστημάτων & Νομοθεσία Φαρμάκων & Τροφίμων Υ (7,5 ECTS)

Γ΄ εξάμηνο (Σύνολο ECTS 30)

• Bιοϊατρική Μηχανική, Αναγεννητική Ιατρική, Ιστομηχανική  Υ (7,5 ECTS)
• Βιοανάλυση και τεχνολογίες -omics Υ (7,5 ECTS)
• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (Ανασκόπηση βιβλιογραφίας και σχεδιασμός  πειραματικής ή υπολογιστικής μελέτης) Υ (15 ECTS)

Δ΄ εξάμηνο (Σύνολο ECTS 30)

• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία Υ (30 ECTS)