Η παρακολούθηση των μαθημάτων και των σεμιναρίων είναι υποχρεωτική και διεξάγεται σε ημέρες της εβδομάδας (από 15.00-21.00) και σε Σαββατοκύριακα. Η εκπαιδευτική μεθοδολογία που χρησιμοποιείται στο πρόγραμμα είναι αυτή της μικτής ή συνδυαστικής εκπαιδευτικής διαδικασίας (blended learning), η οποία συνδυάζει την συμβατική εκπαιδευτική διαδικασία της διδασκαλίας σε αίθουσα (διά ζώσης 30%), με την χρήση μεθόδων εξ αποστάσεως εκπαίδευσης και η οποία επιτρέπει, σε σημαντικό βαθμό, την παρακολούθηση του προγράμματος από
απόσταση (εξ αποστάσεως 70%).

Για την απόκτηση διπλώματος του Π.Μ.Σ. απαιτούνται συνολικά εκατόν είκοσι (120) πιστωτικές μονάδες (ECTS). Τα μαθήματα οργανώνονται σε εξάμηνα, πραγματοποιούνται σε εβδομαδιαία βάση, διεξάγονται στην ελληνική γλώσσα, περιλαμβάνουν δε κατά περίπτωση σεμινάρια και εργαστηριακές ασκήσεις.

Η εκπόνηση της διπλωματικής εργασίας πραγματοποιείται στο δ’ εξάμηνο σπουδών και πιστώνεται με δεκαπέντε (15) ECTS.

Η πρακτική άσκηση διεξάγεται σε Σχολικές Μονάδες Ειδικής Αγωγής και Εκπαίδευσης (Σ.Μ.Ε.Α.Ε.) για κωφούς/βαρήκοους μαθητές, μαθητές με κινητική αναπηρία, με προβλήματα όρασης, με αυτισμό και νοητική αναπηρία, σε σχολικές μονάδες γενικής και επαγγελματικής εκπαίδευσης, με ή χωρίς Τμήμα Ένταξης, όπου φοιτούν μαθητές με αναπηρία ή/και ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες, σε Κέντρα Εκπαιδευτικής και Συμβουλευτικής Υποστήριξης (Κ.Ε.Σ.Υ.), σε Ιατροπαιδαγωγικά Κέντρα υπηρεσιών του Υπουργείου Υγείας, σε Συμβουλευτικούς Σταθμούς των Δήμων, σε Κέντρα Κοινοτικής Ψυχικής Υγιεινής, σε σχολεία που λειτουργούν εντός δημόσιων νοσοκομείων και σε Νομικά Πρόσωπα Δημοσίου ή Ιδιωτικού Δικαίου (Ν.Π.Δ.Δ. ή Ν.Π.Ι.Δ.) εποπτευόμενα από το Υπουργείο Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Κοινωνικής Αλληλεγγύης, τα οποία παρέχουν εκπαίδευση, κατάρτιση και συμβουλευτικές υποστηρικτικές υπηρεσίες σε άτομα άνω των δεκαπέντε (15) ετών με αναπηρίες και σε σχολικές μονάδες με Τάξεις Υποδοχής και σε Σχολεία Δεύτερης Ευκαιρίας (Σ.Δ.Ε.) προς απόκτηση της απαιτούμενης πρακτικής εμπειρίας, υπό την επίβλεψη του επιβλέποντος μέλους ΔΕΠ. Η πρακτική άσκηση έχει διάρκεια πέντε (5) μηνών, παίρνει είκοσι (20) ECTS και είναι υποχρεωτική.

Το ενδεικτικό πρόγραμμα των μαθημάτων για το Π.Μ.Σ. «Ειδική Αγωγή και Εκπαίδευση» διαμορφώνεται ως εξής:

Α’ Εξάμηνο

• Σύγχρονα θέματα ειδικής αγωγής (7,5 ECTS)
• Μεθοδολογία έρευνας (7,5 ECTS)
• Ψυχοπαιδαγωγική (7,5 ECTS)
• Διδακτική μεθοδολογία και πρακτική άσκηση Ι (7,5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β’ Εξάμηνο

• Ψυχικές διαταραχές παιδιών και εφήβων (7,5 ECTS)
• Προγράμματα πρόληψης και παρέμβασης (7,5 ECTS)
• Διαταραχή αυτιστικού φάσματος: Ψυχολογική και εκπαιδευτική προσέγγιση (7,5 ECTS)
• Συμβουλευτική, επαγγελματικός προσανατολισμός και αποκατάσταση στην ειδική αγωγή (7,5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Γ’ Εξάμηνο

• Διαφοροποίηση σχολικού προγράμματος για παιδιά με ειδικές μαθησιακές δυσκολίες και νοητική αναπηρία (7,5 ECTS)
• Νευροεπιστήμες και Ειδική Αγωγή (7,5 ECTS)
• Δύο κατ’ επιλογήν υποχρεωτικά μαθήματα* (2x5=10 ECTS)
• Εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας Ι (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Δ’ Εξάμηνο

• Εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας ΙΙ (10 ECTS)
• Πρακτική άσκηση (20 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

*Μαθήματα κατ’ επιλογήν υποχρεωτικά (επιλέγονται δύο):

1. Αισθητηριακές και κινητικές αναπηρίες.
2. Αγωγή λόγου-Λογοθεραπεία - Διαταραχές λόγου και ομιλίας.
3. Ψυχοκοινωνικά προβλήματα: Πρόληψη και συμβουλευτική.
4. Στατιστική με τη χρήση λογισμικού.
5. Οργανωσιακή Ψυχολογία και θέματα διοίκησης στην Ειδική Αγωγή.
6. Τεχνολογίες της Πληροφορίας και της Επικοινωνίας στην Ειδική Αγωγή. 
7. Χαρισματικοί και ταλαντούχοι μαθητές - Υψηλές νοητικές ικανότητες.
8. Κοινωνιολογία ΑΜΕΑ.

Η ανακατανομή των μαθημάτων στα εξάμηνα γίνεται με εισήγηση της Συντονιστικής Επιτροπής και απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος.