Σκοπός του ΠΜΣ είναι η κατάρτιση υψηλού επιπέδου (θεωρητικού και εργαστηριακού) μεταπτυχιακών φοιτητών σε θέματα  σύνθεσης και μελέτης χημικών προϊόντων και ιδιαίτερα προϊόντων υψηλής προστιθέμενης αξίας.

Το ΠΜΣ στοχεύει να εκπαιδεύσει στελέχη που θα είναι ικανά να στελεχώσουν τη χημική βιομηχανία, συμπεριλαμβανομένης της φαρμακευτικής βιομηχανίας και να συμβάλλουν στην ανάπτυξή της, καθώς και στην ανάπτυξη στρατηγικών τομέων των Πανεπιστημίων, των Ερευνητικών Κέντρων, με τελικό αποτέλεσμα τη σημαντική συμβολή τους στις συνολικές αναπτυξιακές ανάγκες της χώρας και της Ευρωπαϊκής Ένωσης.