Το Δ.Π.Μ.Σ. περιλαμβάνει πέντε ροές:

• Ανάλυση και Διαφορικές Εξισώσεις
• Υπολογιστικά Μαθηματικά
• Στατιστική – Πιθανότητες
• Μαθηματικά της Πληροφορικής
• Αλγεβρικές, Γεωμετρικές και Τοπολογικές Δομές

Στόχος κάθε ροής είναι να δημιουργήσει  Επιστήμονες και Ερευνητές υψηλού επιπέδου και κύρους οι οποίοι θα έχουν τη δυνατότητα να εργαστούν σε Ερευνητικά Κέντρα και Διεθνείς Oργανισμούς, σε Ελληνικά και Ξένα Πανεπιστήμια, σε Επιχειρήσεις ως στελέχη και στη Βιομηχανία. Το πλήθος των προσφερόμενων ανά ροή μαθημάτων, η ποιότητά τους, το κατάλληλο περιεχόμενό τους και η οργάνωσή τους, δίνουν την δυνατότητα ενός μεγάλου αριθμού συνδυασμών και επιλογών, που καλύπτουν σχεδόν κάθε πιθανή επιθυμητή προτίμηση του φοιτητή.