Το πρόγραμμα σπουδών περιλαμβάνει τέσσερα (4) υποχρεωτικά μαθήματα (Υ), πέντε (5) μαθήματα επιλογής (Ε), και τη Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία.

Α' Εξάμηνο 

• Μηχανική Συνεχούς Μέσου (7 ECTS)
• Υπολογιστικές Τεχνικές και Αλγόριθμοι Επίλυσης (7 ECTS)
• Προχωρημένες Υπολογιστικές Μέθοδοι και Εργαστήριο (8 ECTS)

Ένα (1) εκ των δύο (2) ακολούθων μαθημάτων

• Μεταφορά Ορμής, Θερμότητας και Μάζας (8 ECTS)
• Ελαστική και Ανελαστική Συμπεριφορά Υλικών (8 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο 

Επιλογή πέντε μαθημάτων από τα παρακάτω:

• Γένεση και Προσαρμογή Αριθμητικών Πλεγμάτων (6 ECTS)
• Μέθοδος Πεπερασμένων Διαφορών και Όγκων Ελέγχου. Υπολογιστικές Μέθοδοι σε Τυρβώδεις Ροές (6 ECTS)
• Υπολογιστικές Μέθοδοι σε Πολυφασικά-Πολυσυστατικά-Αντιδρώντα Συστήματα (6 ECTS)
• Υπολογιστικές Μέθοδοι Υδροδυναμικής (6 ECTS)
•  Μοριακή Προσομοίωση Υλικών (6 ECTS)
• Μέθοδος Συνοριακών Στοιχείων (6 ECTS)
• Υπολογιστικές Μέθοδοι στη Διασπορά Ρυπαντών (6 ECTS)
• Μέθοδοι Αιτιοκρατικής και Στοχαστικής Βελτιστοποίησης και Εφαρμογές (6 ECTS)
• Μη Γραμμική Δυναμική (6 ECTS)
• Υπολογιστική Eμβιομηχανική (6 ECTS) 
• Υπολογιστικές Μέθοδοι Ανάλυσης Δυναμικών Συστημάτων και Εφαρμογές (6 ECTS)
• Υπολογιστική Ανάλυση Διεργασιών σε Μακρο- και Μικροαντιδραστήρες (6 ECTS)
• Βελτιστοποίηση κατασκευών (6 ECTS)
• Στοχαστικά Πεπερασμένα Στοιχεία (6 ECTS)
• Μηχανική Μάθηση στην Υπολογιστική Μηχανική (6 ECTS)
• Μη Γραμμικά Πεπερασμένα Στοιχεία (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Γ' Εξάμηνο 

• ΕΚΠΟΝΗΣΗ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΗΣ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗΣ ΕΡΓΑΣΙΑΣ (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Γενικό Σύνολο 90 ECTS