Το Π.Μ.Σ. «Γλωσσολογική Θεωρία και Έρευνα» προσφέρει μαθήματα Γλωσσολογίας σε καθέναν από τους τρεις άξονες (Θεωρητική Γλωσσολογία, Εφαρμοσμένη/ Διακλαδική Γλωσσολογία και Ιστορική Γλωσσολογία), ενώ κατά το τρίτο εξάμηνο σπουδών το ένα από τα προσφερόμενα μαθήματα είναι μάθημα Μεθοδολογίας της Γλωσσολογικής Έρευνας, στο οποίο καλύπτονται οι διαφορετικές μέθοδοι που αξιοποιεί ο κάθε άξονας. Κάθε μεταπτυχιακό μάθημα/σεμινάριο περιλαμβάνει τρεις εβδομαδιαίες ώρες διδασκαλίας. Κάθε διετής κύκλος σπουδών υποχρεωτικά περιλαμβάνει μαθήματα και από τους τρεις θεματικούς άξονες του Π.Μ.Σ. σε μη καθορισμένη αναλογία, αρκεί κάθε άξονας να καλύπτεται από τουλάχιστον ένα μάθημα ανά κύκλο.

Τα μαθήματα αναθέτει η Συνέλευση του Τμήματος Φιλολογίας του Π.Ι. Ορισμένα μαθήματα μπορεί να είναι κοινά για όλους τους μεταπτυχιακούς φοιτητές του Τμήματος Φιλολογίας. Οι φοιτητές του Π.Μ.Σ. «Γλωσσολογική Θεωρία και Έρευνα» μπορούν, με τη σύμφωνη γνώμη του επιβλέποντος και την άδεια της Σ.Ε. του Π.Μ.Σ. και της Συνέλευσης του Τμήματος Φιλολογίας του Π.Ι., να παρακολουθήσουν ένα μεταπτυχιακό μάθημα Π.Μ.Σ. διαφορετικού από εκείνο στο οποίο ανήκουν- το Π.Μ.Σ. αυτό μπορεί να ανήκει στο Τμήμα Φιλολογίας του Π.Ι. ή σε άλλο Τμήμα του Π.Ι. συναφούς γνωστικού αντικειμένου, ή σε άλλο ομοταγές αναγνωρισμένο ίδρυμα της ημεδαπής ή της αλλοδαπής, στο πλαίσιο των εκπαιδευτικών προγραμμάτων κινητικότητας για σπουδαστές της Ευρωπαϊκής Ένωσης .Κάθε μεταπτυχιακό μάθημα/ σεμινάριο περιλαμβάνει τρεις εβδομαδιαίες ώρες διδασκαλίας.

Ο μεταπτυχιακός φοιτητής υποχρεούται να εγγραφεί σε μαθήματα που προσφέρουν 6 Διδακτικές Μονάδες (Δ.Μ.) σε κάθε ένα από τα πρώτα τρία εξάμηνα (δηλαδή 6 + 6 + 6 Δ.Μ.). Επομένως το σύνολο των Δ.Μ. από τα προσφερόμενα μαθήματα, που πρέπει να συγκεντρώσει ένας μεταπτυχιακός φοιτητής ορίζεται σε 18. Οι Δ.Μ. της υποχρεωτικής Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (Μ.Δ.Ε.), η οποία εκπονείται κατά το τέταρτο εξάμηνο σπουδών, είναι 18. Συνολικά δηλαδή ένας μεταπτυχιακός φοιτητής του Π.Μ.Σ. «Γλωσσολογική Θεωρία και Έρευνα» του Τμήματος Φιλολογίας του Π.Ι. πρέπει να συμπληρώσει 18 + 18 = 36 Δ.Μ., οι οποίες αναγόμενες στο Ευρωπαϊκό Σύστημα Δ.Μ. (ECTS) αντιστοιχούν σε 60 + 60 = 120 ECTS.

Το Πρόγραμμα Μαθημάτων του Π.Μ.Σ. «Γλωσσολογική Θεωρία και Έρευνα» ορίζεται από τα γνωστικά αντικείμενα της Γλωσσολογίας, στα οποία περιλαμβάνονται τα ακόλουθα:

Α. Θεωρητική Γλωσσολογία: Φωνητική, Φωνολογία, Μορφολογία, Σύνταξη, Σημασιολογία, Πραγματολογία, Διεπίπεδο Φωνητικής-Φωνολογίας, Μορφοφωνολογία, Μορφοσύνταξη, Διεπίπεδο Σύνταξης-Σημασιολογίας, Διεπίπεδο Σημασιολογίας-Πραγματολογίας.

Β. Εφαρμοσμένη/Διακλαδική Γλωσσολογία: Κοινωνιογλωσσολογία, Διαλεκτολογία, Ψυχογλωσσολογία, Νευρογλωσσολογία, Κατάκτηση Γλώσσας, Διγλωσσία, Εκπαιδευτική Γλωσσολογία/Διδακτική της Γλώσσας, Λεξικολογία-Λεξικογραφία, Κλινική Γλωσσολογία, Υπολογιστική Γλωσσολογία.

Γ. Ιστορική Γλωσσολογία: Ιστορικοσυγκριτική Γλωσσολογία, Ινδοευρωπαϊκή Γλωσσολογία, Ιστορία της ελληνικής γλώσσας, Ιστορία της λατινικής γλώσσας, Ιστορική Κοινωνιογλωσσολογία, Τυπολογία γλωσσών, Γλωσσική Αλλαγή, Γλωσσική Επαφή-Γλωσσικές Περιοχές, Βαλκανική Γλωσσολογία, Ρομανική Γλωσσολογία.