Το σύνολο των Ευρωπαϊκών Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) που απαιτείται για τη λήψη του Μ.Δ.Ε ανέρχεται σε εκατόν είκοσι (120). Συγκεκριμένα, ο φοιτητής πρέπει να συγκεντρώσει: (α) εξήντα (60) πιστωτικές μονάδες από την επιτυχή παρακολούθηση και αξιολόγηση μαθημάτων του Α΄ και Β΄ Εξαμήνου, (β) τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες από την εκμάθηση προχωρημένων εργαστηριακών τεχνικών έρευνας και την πραγματοποίηση ερευνητικής εργαστηριακής εργασίας, και γ) τριάντα πιστωτικές μονάδες (30) από τη συγγραφή Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας.

Κατά τη διάρκεια του πρώτου έτους μεταπτυχιακών σπουδών ο μεταπτυχιακός φοιτητής υποχρεούται να παρακολουθήσει και να εξεταστεί επιτυχώς σε έξι ή περισσότερα μεταπτυχιακά μαθήματα συνολικής βαρύτητας εξήντα (60) ECTS. Από αυτά τα τριάντα (30) ECTS πρέπει να είναι Μαθήματα Κατεύθυνσης και τα υπόλοιπα ECTS επιλέγονται από όλα τα προσφερόμενα μεταπτυχιακά μαθήματα του ΠΜΣ, της ίδιας ή άλλων κατευθύνσεων.

Κάθε εξάμηνο σπουδών, ο φοιτητής οφείλει να συγκεντρώνει τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες.

Αναλυτικά τα προσφερόμενα μαθήματα στο πρόγραμμα σπουδών ανά κατεύθυνση και εξάμηνο έχουν ως εξής:

Α' Εξάμηνο 

• ΜΑΘΗΜΑ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ (10 ECTS)
• ΜΑΘΗΜΑ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ (10 ECTS)
• ΜΑΘΗΜΑ ΕΠΙΛΟΓΗΣ (10 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο 

• ΜΑΘΗΜΑ ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗΣ (10 ECTS)
• ΜΑΘΗΜΑ ΕΠΙΛΟΓΗΣ (10 ECTS)
• ΜΑΘΗΜΑ ΕΠΙΛΟΓΗΣ (10 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Το πρόγραμμα σπουδών του Γ΄ και Δ΄ εξαμήνου είναι κοινό για όλες τις κατευθύνσεις του Προγράμματος και διαμορφώνεται ως ακολούθως:

Γ' Εξάμηνο 

• Εκμάθηση Προχωρημένων Εργαστηριακών Τεχνικών Έρευνας (15 ECTS)
• Πραγματοποίηση Ερευνητικής Εργαστηριακής Εργασίας (15 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Δ' Εξάμηνο 

• Συγγραφή και Υποστήριξη Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Παρατίθεται κατάλογος μαθημάτων κατεύθυνσης Α΄ και Β΄ εξαμήνου. Τα μαθήματα των άλλων κατευθύνσεων νοούνται ως μαθήματα επιλογής για την κατεύθυνση που έχει επιλέξει ο φοιτητής.

Α' Εξάμηνο 

• Σύγχρονη Χημεία Συμπλοκών. Σύνθεση και Εφαρμογές (Κατεύθυνση 3)
• Στερεά Υλικά (Κατεύθυνση 3)
• Από τα μόρια στα Υλικά: Τεχνητή Φωτοσύνθεση (Κατεύθυνση 3)
• Δομή και Λειτουργία Πρωτεϊνών (Κατεύθυνση 1)
• Θέματα Βιοχημείας (Κατεύθυνση 1)
• Περιβαλλοντική Μικροβιολογία και Εργαστήριο (Κατεύθυνση 1, 2)
• Βιοκατάλυση - Εφαρμογές στην Οργανική Σύνθεση (Κατεύθυνση 1)
• Χημεία Φυσικών Προϊόντων (Κατεύθυνση 1)
• Συνθετική Οργανική Χημεία (Κατεύθυνση 1)
• Στερεοχημεία - Μηχανισμοί Οργανικών Αντιδράσεων (Κατεύθυνση 1)
• Δομή και Ιδιότητες Χαλαρής και Συμπυκνωμένης Ύλης (Κατεύθυνση 3)
• Φασματοσκοπία Υπερύθρου και RAMAN (Κατεύθυνση 2, 3)
• Θεωρητική Επιστήμη Υλικών (Κατεύθυνση 3)
• Υπολογιστική Μελέτη Μορίων και Νανοϋλικών (Κατεύθυνση 3)
• Χημεία και Φυσική της Ατμόσφαιρας - Κλιματική Αλλαγή (Κατεύθυνση 2)
• Αναλυτική Χημεία Περιβάλλοντος (Κατεύθυνση 2)
• Περιβαλλοντική Οργανική Χημεία και εργαστήριο (Κατεύθυνση 2)
• Ανάλυση Δεδομένων (Κατεύθυνση 2)
• Εργαστήριο Περιβαλλοντικών Διεργασιών (Κατεύθυνση 2)
• Εαρινό Σχολείο (Κατεύθυνση 1, 2, 3) 

Β' Εξάμηνο 

• Υπερμοριακή Χημεία (Κατεύθυνση 3)
• Βιολογική και Βιοανόργανη Χημεία (Κατεύθυνση 1, 3)
• Ηλεκτρονική Μικροσκοπία Διέλευσης (Κατεύθυνση 3)
• Χημεία Στερεάς Κατάστασης (Κατεύθυνση 3)
• Φαρμακευτική Χημεία (Κατεύθυνση 1)
• Οργανική Φωτοχημεία (Κατεύθυνση 1)
• Εργαστήρια Λέιζερ - Εφαρμογές στην Χημεία (Κατεύθυνση 3)
• Μοριακές Προσομοιώσεις και Η/Υ (Κατεύθυνση 3)
• Φασματοσκοπία Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού (NMR), θεωρία και Εφαρμογές (Κατεύθυνση 1, 2, 3)
• Ηλεκτροχημεία (Κατεύθυνση 3)
• Χρήση Μαθηματικών Μοντέλων Προσομοίωσης Ατμοσφαιρικών Διεργασιών (Κατεύθυνση 2)
• Υπολογιστική Μελέτη Μορίων και Νανοϋλικών (Κατεύθυνση 3)
• Χημεία και Φυσική της Ατμόσφαιρας - Κλιματικές Αλλαγές (Κατεύθυνση 2)
• Επεξεργασία Υγρών Αποβλήτων (Κατεύθυνση 2)
• Συστήματα Ελέγχου Ατμοσφαιρικής Ρύπανσης (Κατεύθυνση 2)
• Έλεγχος ποιότητας Περιβαλλοντικών Παραμέτρων σε Νερά και Υγρά Απόβλητα (εργαστηριακό μάθημα) (Κατεύθυνση 2)
• Ανανεώσιμες Πηγές Ενέργειας (θεωρία και Εργαστήριο) (Κατεύθυνση 2)
• Σύγχρονη Ενόργανη Ανάλυση (Κατεύθυνση 2)
• Εαρινό Σχολείο (Κατεύθυνση 1, 2, 3) 

Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές του ΠΜΣ στη Χημεία μπορούν να δηλώσουν επίσης μαθήματα επιλογής από τα προσφερόμενα των υπολοίπων Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) του Τμήματος Χημείας ή άλλου ΠΜΣ του Πανεπιστημίου Κρήτης συναφούς αντικειμένου.

Τροποποίηση του προγράμματος μαθημάτων και ανακατανομή μεταξύ των εξαμήνων μπορεί να επέλθει με αποφάσεις οργάνων σύμφωνα με όσα ορίζονται στον κανονισμό μεταπτυχιακών σπουδών.