Στο μεταπτυχιακό πρόγραμμα τα μαθήματα κατανέμονται με βάση τα τρία γνωστικά πεδία, όπως διαφαίνεται από τη χρήση των τριών γραμμάτων του κωδικού αριθμού. Σε κάθε γνωστικό πεδίο συνδυάζεται η εμβάθυνση σε ειδικότερα ερευνητικά προβλήματα με την πλατύτερη διεπιστημονική θεώρηση. 
Συγκεκριμένα, τα μεταπτυχιακά μαθήματα κατανέμονται ως εξής:

Κατανομή μεταπτυχιακών μαθημάτων ανά γνωστικό πεδίο
Α. Βυζαντινή Φιλολογία (ΒΝΕ 500-515)
ΒΝΕ 500 Εκδοτική θεωρία και πράξη
BNE 501 Ειδολογικά ζητήματα
ΒΝΕ 502 Βυζαντινές αφηγήσεις
ΒΝΕ 503 Γλώσσα και λογοτεχνία
ΒΝΕ 504 Θρησκευτική ποίηση και υμνογραφία
ΒΝΕ 505 Βιογραφία και αυτοβιογραφία
ΒΝΕ 506 Βυζαντινό δίκαιο
ΒΝΕ 507 Όψεις του ανδρικού και γυναικείου κόσμου
ΒΝΕ 508 Οι συγγραφείς και το κοινό τους
ΒΝΕ 509 Συναισθήματα και νοοτροπίες
ΒΝΕ 510 Αναπαραστάσεις του σώματος
ΒΝΕ 511 Πόλεων αλώσεις
 

Β. Βυζαντινή και Μεσαιωνική Ιστορία (ΙΣΤ 500-515)
ΙΣΤ 502 Ιστορία της Βυζαντινής κοινωνίας: Η αριστοκρατία στο Βυζάντιο (12ος-15ος αι)
ΙΣΤ 503 Βυζάντιο: πολιτική και ιδεολογία: Βασιλιάς και ιερέας: οι απαρχές της βυζαντινής αυτοκρατορικής ιδεολογίας
ΙΣΤ 505 Ιστορία της βυζαντινής οικονομίας: Το Βυζάντιο και η άνθηση του ιταλικού εμπορίου (12ος-15ος αι.)
ΙΣΤ 506 Σταυροφορίες και Λατινική Ανατολή: Κοινωνική ιστορία της λατινοκρατούμενης Ανατολής: Ιερουσαλήμ – Κύπρος – Ρωμανία, 11ος –13ος αι.
ΙΣΤ 507 Λατινοκρατία στον ελληνικό χώρο
ΙΣΤ 508 Bυζαντινοί λόγιοι στην Ιταλία (από τη Σύνοδο της Φερράρας-Φλωρεντίας μέχρι και το 16ο αιώνα)
ΙΣΤ 509 Βυζαντινή Κύπρος
ΙΣΤ 510 Φραγκοκρατία και Βενετοκρατία στην Κύπρο (1191 – 1571)
ΙΣΤ 511 Ιστοριογραφία: ζητήματα ιστορικότητας και ιδεολογίας στον Λατινοκρατούμενο κόσμο (12ος–17ος αι.)
ΙΣΤ 512 Πρόσληψη του Βυζαντίου στη Δυτική Ευρώπη κατά την Πρώιμη Νεότερη Περίοδο (15ος-17ος αι.)
ΙΣΤ 513 Πρόσληψη των Ελλήνων Πατέρων της Εκκλησίας στη Δυτική Ευρώπη κατά την Πρώιμη Νεότερη Περίοδο (15ος-17ος αι.)
ΙΣΤ 514 Το Βυζάντιο και η Δύση (800-1000)
 

Γ. Βυζαντινή και Μεσαιωνική Τέχνη και Αρχαιολογία (ΑΡΧ 500-515)
ΑΡΧ 500 Ιστοριογραφία και ερμηνευτικές μέθοδοι της βυζαντινής αρχαιολογίας
ΑΡΧ 501 Η μελέτη της κεραμικής στη βυζαντινή αρχαιολογία
ΑΡΧ 503 Η αρχαιολογία της βυζαντινής ταφής
ΑΡΧ 504 Βυζαντινός υλικός βίος και ταυτότητα
ΑΡΧ 505 Θεωρία των εικόνων
ΑΡΧ 506 Βυζαντινή «κοσμική» τέχνη
ΑΡΧ 507 Ένδυμα: ο καθρέπτης της βυζαντινής κοινωνίας
ΑΡΧ 508 Σχέσεις κέντρου-περιφέρειας: η τέχνη στην βυζαντινή Κύπρο
ΑΡΧ 509 Από τον παγανισμό στον Χριστιανισμό
ΑΡΧ 510 Τέχνη και ταυτότητα την εποχή των σταυροφοριών
ΑΡΧ 511 Η τέχνη στην μεσαιωνική Κύπρο την εποχή της Λατινοκρατίας
ΑΡΧ 512 Η μεταμόρφωση της Βυζαντινής πόλης