Για το μεταπτυχιακό πρόγραμμα Μάστερ στη Βιοποικιλότητα και την Οικολογία απαιτούνται 90 ECTS, εκ των οποίων οι 60 θα πιστώνονται με παρακολούθηση μαθημάτων ως ακολούθως: τουλάχιστον 30 ECTS από Μαθήματα Επιλογής και τα υπόλοιπα ECTS από Μαθήματα Περιορισμένης Επιλογής. Προβλέπεται, επίσης, υποχρεωτική παρακολούθηση των μεταπτυχιακών σεμιναρίων ΒΙΟ 800 και ΒΙΟ 801 σε δύο ξεχωριστά εξάμηνα, καθώς, επίσης, παρακολούθηση του σεμιναρίου ΒΙΟ 805 και εκπόνηση εργαστηριακής έρευνας ή εργασίας πεδίου στο πλαίσιο της διατριβής (ΒΙΟ 831), διάρκειας ενός τουλάχιστον εξαμήνου και φόρτου 30 ECTS. Μετά την περάτωσή της, η ερευνητική διατριβή θα παρουσιάζεται υπό μορφή ανοικτού σεμιναρίου. Επίσης, οι υποψήφιοι πρέπει να επιτύχουν σε προφορικές εξετάσεις ενώπιον τριμελούς Ειδικής Εξεταστικής Επιτροπής. 

Εναλλακτικά, οι φοιτητές μπορούν να ενταχθούν στο πρόγραμμα χωρίς την εξασφάλιση θέσης σε ερευνητικό εργαστήριο. Σε αυτή την περίπτωση θα πρέπει να συμπληρώσουν με επιτυχία 70 ECTS ως ακολούθως: τουλάχιστον 30 ECTS από Μαθήματα Επιλογής και τα υπόλοιπα ECTS από Μαθήματα Περιορισμένης Επιλογής. Προβλέπεται, επίσης, υποχρεωτική παρακολούθηση των μεταπτυχιακών σεμιναρίων ΒΙΟ800 και ΒΙΟ801 σε δύο ξεχωριστά εξάμηνα, καθώς, επίσης, παρακολούθηση του σεμιναρίου ΒΙΟ 805 και του υποχρεωτικού μαθήματος ΒΙΟ 681, το οποίο περιλαμβάνει τη συγγραφή βιβλιογραφικής εργασίας. 

Μαθήματα Επιλογής

• ΒΙΟ 861 Ειδικά Θέματα Οικολογίας (10 ECTS)
• ΒΙΟ 862 Πρότυπα Βιοποικιλότητας (10 ECTS)
• ΒΙΟ 863 Ειδικά Θέματα στην Οικολογία της Συμπεριφοράς (10 ECTS)
• ΒΙΟ 864 Βιοποικιλότητα της Κύπρου (10 ECTS)
• ΒΙΟ 865 Γεωγραφικά Συστήματα Πληροφοριών (GIS) και Τηλεπισκόπηση στην Οικολογία (10 ECTS)
• ΒΙΟ 866 Θαλάσσια Οικολογία (10 ECTS)
• ΒΙΟ 867 Ειδικά Θέματα στην Εξελικτική Βιολογία (10 ECTS)
• ΒΙΟ 868 Πρακτική Εργασία Πεδίου (10 ECTS)

Μαθήματα Περιορισμένης Επιλογής

• ΒΙΟ 610 Ειδικά Θέματα Ανθρώπινης Μοριακής και Ιατρικής Γενετικής Ι (10 ECTS)
• ΒΙΟ 620 Ειδικά Θέματα Kυτταρικής Bιολογίας (10 ECTS)
• ΒΙΟ 630 Νουκλεϊκά Οξέα (10 ECTS)
• ΒΙΟ 640 Μοριακή Βιολογία Ι (10 ECTS)
• BIO 650 Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής (10 ECTS)
• BIO 660 Αναπτυξιακή Γενετική: Έμβρυα, Κύτταρα και Γονίδια (10 ECTS) 
• BIO 670 Η Οπτική Απεικόνιση στις Βιολογικές Επιστήμες (10 ECTS)
• ΒΙΟ 710 Ειδικά Θέματα Ανθρώπινης Μοριακής και Ιατρικής Γενετικής ΙΙ (10 ECTS) 
• ΒΙΟ 720 Ειδικά Θέματα Βιοχημείας (10 ECTS)
• ΒΙΟ 730 Μοριακή Διαγνωστική (10 ECTS)
• ΒΙΟ 740 Κυτταρική Επικοινωνία (10 ECTS)
• ΒΙΟ 750 Βιολογία Καρκίνου (10 ECTS)
• ΒΙΟ 760 Θέματα Γενωμικής και Πρωτεομικής (10 ECTS) 
• ΒΙΟ 780 Αυτόνομη Μελέτη Ι (10 ECTS)
• ΒΙΟ 790 Αυτόνομη Μελέτη ΙΙ (10 ECTS)
• ΒΙΟ 850 Πειραματική Εμβρυολογία (10 ECTS)
• ΒΙΟ 860 Μοριακή Βιολογία Καρκινοϊών (10 ECTS)
• ΒΙΟ 870 Μοριακή Βιοτεχνολογία (10 ECTS)
• MAΣ 653 Γενικευμένα Γραμμικά Μοντέλα (10 ECTS)
• ΜΑΣ 657 Ανάλυση Διακριτών Δεδομένων (10 ECTS)
• ΜΑΣ 658 Προσομοίωση και Στατιστική Ανάλυση Δεδομένων (10 ECTS)
• ΜΑΣ 659 Πολυμεταβλητή Ανάλυση (10 ECTS)
• ΜΑΣ 666 Βιοστατιστική (10 ECTS)
• ΠΠΜ 581 Εκτίμηση Περιβαλλοντικού Κινδύνου (10 ECTS)

Υποχρεωτικά Μαθήματα για Φοιτητές που θα Διεξάγουν Ερευνητική Διατριβή

• BIO 800 Μεταπτυχιακά Σεμινάρια Ι
• BIO 801 Μεταπτυχιακά Σεμινάρια ΙΙ 
• BIO 805 Αναζήτηση και Διαχείριση Βιβλιογραφίας
• ΒΙΟ 831 Ερευνητική Διατριβή Μάστερ στη Βιοποικιλότητα και την Οικολογία (30 ECTS)
• BIO 601 Συνέχεια Διατριβής Μάστερ στη Βιοποικιλότητα και την Οικολογία (1 ECTS)

Υποχρεωτικά Μαθήματα για Φοιτητές που θα Διεξάγουν Βιβλιογραφική Διατριβή

• BIO 800 Μεταπτυχιακά Σεμινάρια Ι
• BIO 801 Μεταπτυχιακά Σεμινάρια ΙΙ 
• BIO 805 Αναζήτηση και Διαχείριση Βιβλιογραφίας
• ΒΙΟ 681 Επιστημονική Μεθοδολογία στη Βιοποικιλότητα και την Οικολογία (20 ECTS)