Η χρονική διάρκεια φοίτησης στο ΠΜΣ ορίζεται σε τρία (3) ακαδημαϊκά εξάμηνα, στα οποία περιλαμβάνεται και ο χρόνος εκπόνησης της διπλωματικής εργασίας. Η μέγιστη διάρκεια φοίτησης δεν μπορεί να υπερβεί το διπλάσιο από την προβλεπόμενη κανονική διάρκεια φοίτησης. Ως εκ τούτου η ανώτατη διάρκεια φοίτησης ανέρχεται σε έξι (6) ακαδημαϊκά εξάμηνα. Για τους μεταπτυχιακούς φοιτητές μερικής φοίτησης η χρονική διάρκεια φοίτησης ορίζεται σε ελάχιστο έξι (6) και δώδεκα (12) ακαδημαϊκά εξάμηνα η μέγιστη.

Για την απονομή του ΔΜΣ απαιτείται η επιτυχής παρακολούθηση δέκα (10) μαθημάτων και η εκπόνηση διπλωματικής εργασίας. Συνολικά τα μαθήματα αντιστοιχούν σε τριάντα (30) ΠΜ ανά εξάμηνο σπουδών και συνολικά σε 90 ΠΜ (ECTS).

Κατά τη διάρκεια του Α εξαμήνου σπουδών οι φοιτητές/τριες παρακολουθούν δύο (2) υποχρεωτικά μαθήματα κορμού και τρία (3) κατ’επιλογή μαθήματα κορμού, ενώ στο Β’ εξάμηνο θα επιλέγουν τρία (3) μαθήματα ειδίκευσης (δύο από την ειδίκευση που έχουν επιλέξει και ένα από οποιαδήποτε άλλη) καθώς και το μάθημα της διπλωματικής εργασίας. Στο Γ’ εξάμηνο οι φοιτητές/φοιτήτριες εκπονούν αποκλειστικά τη διπλωματική τους εργασία.

Η διδασκαλία των μαθημάτων γίνεται διά ζώσης.

Η γλώσσα διδασκαλίας και συγγραφής της Διπλωματικής Εργασίας είναι η ελληνική, αλλά παρέχεται η δυνατότητα συγγραφής της Διπλωματικής Εργασίας στην αγγλική γλώσσα.

Το αναλυτικό πρόγραμμα μαθημάτων ανά εξάμηνο διαμορφώνεται ως εξής:

Τα παρεχόμενα μαθήματα είναι τα εξής:

Α. Κορμού [Α' Εξάμηνο]

• Μεθοδολογία και Ηθική της Έρευνας (8 ECTS) 
• Βιβλιογραφία (8 ECTS) 

Μαθήματα Επιλογής (3)

• Σχεδιασμός και Ανακάλυψη Βιοδραστικών Ενώσεων (8 ECTS) 
• Σχεδιασμός και Ανάπτυξη Φαρμακευτικών προϊόντων (8 ECTS) 
• Φαρμακευτική Ανάλυση - Βιοφασματοσκοπία (8 ECTS) 
• Προκλινική και Κλινική Αξιολόγηση Φαρμάκων (8 ECTS) 

Β. Κατεύθυνσης [Β' Εξάμηνο]
Κάθε ΜΦ πρέπει να επιλέξει υποχρεωτικά 2 που αφορούν στην κατεύθυνση που έχει επιλέξει και 1 από οποιαδήποτε κατεύθυνση

Κατεύθυνση: Φαρμακευτική Χημεία - Φυσικά Προϊόντα 

• Φυσικά Προϊόντα στην Ανακάλυψη Φαρμάκων (5 ECTS)
• Σύγχρονες Μέθοδοι στη Σύνθεση Φαρμάκων (5 ECTS)
• Βιομοριακό NMR και Πρωτεϊνική Αρχιτεκτονική (5 ECTS)

Κατεύθυνση: Βιομηχανική Φαρμακευτική 

• Νανοφάρμακα και Ειδικές Μορφές για Χορήγηση ή/και Στόχευση Φαρμάκων/Διαγνωστικών (5 ECTS)
• Στατιστική και Διαχείριση Ποιότητας στη Φαρμακευτική (5 ECTS)
• Εφαρμοσμένη Φαρμακευτική Ανάλυση και Τεχνικές Χαρακτηρισμού Φαρμακομορφών (5 ECTS)

Κατεύθυνση: Μοριακή Φαρμακολογία και Βιοτεχνολογία 

• Μοριακοί Στόχοι της Δράσης Φαρμάκων (5 ECTS)
• Εφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία και Βιοπληροφορική (5 ECTS)
• Θεραπευτικές Προσεγγίσεις Ακριβείας (5 ECTS)

Γ. Εκπόνηση Διπλωματικής Εργασίας [Β' & Γ' Εξάμηνα]

• Διπλωματική [Β'] (15 ECTS)
• Διπλωματική [Γ'] (15 ECTS)