Το σύνολο των Πιστωτικών Μονάδων (Π.Μ. ή ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. ανέρχεται σε 120 ECTS. Η διδασκαλία των μαθημάτων καθώς η συγγραφή της Διπλωματικής Εργασίας γίνεται στην Ελληνική και σε ειδικές περιπτώσεις στην Αγγλική Γλώσσα. Για τη λήψη του Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε.) οι φοιτητές υποχρεούνται να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς σε συνολικά 14 εξαμηνιαία μαθήματα (δηλ. 7 μαθήματα στο Α΄ εξάμηνο, 6 μαθήματα στο Β΄ εξάμηνο, 1 μάθημα στο Γ΄ εξάμηνο, και 1 μάθημα στο Δ΄ εξάμηνο) και να εκπονήσουν επιτυχώς τη διπλωματική εργασία κατά το Γ΄ και Δ΄ εξάμηνο. Τα μαθήματα πιστώνονται με συνολικό φόρτο εργασίας 82 ECTS και η διπλωματική εργασία με συνολικό φόρτο εργασίας 38 ECTS.

To πρόγραμμα μαθημάτων ανά εξάμηνο ορίζεται ως εξής:

Α΄ Εξάμηνο 

• Μεθοδολογία της έρευνας στις Βιοϊατρικές Επιστήμες I (10 ECTS)
• Ερευνητικά Σεμινάρια Ι (3 ECTS)
• Εφαρμογές Βιοστατιστικής – Βιοπληροφορικής (4 ECTS)
• Δεοντολογία Έρευνας – Βιοηθική (4 ECTS)
• Σύγχρονα θέματα Μοριακής - Κυτταρικής Βιολογίας (5 ECTS)
• Ασφάλεια στο Βιολογικό Ερευνητικό Εργαστήριο (2 ECTS)
• Χρήση Πειραματοζώων στην Έρευνα (2 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β΄ Εξάμηνο 

• Μεθοδολογία της έρευνας στις Βιοϊατρικές Επιστήμες II (10 ECTS)
• Τρέχοντα Θέματα Βιολογικής Έρευνας (4 ECTS)
• Ερευνητικά Σεμινάρια ΙΙ (2 ECTS)
• Δεξιότητες Υποστήριξης Έρευνας (4 ECTS)
• Εργαστηριακή Εκπαίδευση (6 ECTS)
• Κατ’ επιλογήν (οι φοιτητές υποχρεούνται να επιλέξουν ένα από τα παρακάτω μαθήματα) (4 ECTS)

α) Νευροεπιστήμες I 
β) Μοριακή Βάση της Μεταγραφής και Μετάφρασης 
γ) Παθοβιολογία Ανθρώπου 
δ) Σχεδιασμός νέων Φαρμάκων και Αποτίμηση της Φαρμακολογικής Απόκρισης 
ε) Μοριακή Γενετική Επιδημιολογία 

Σύνολο 30 ECTS

Γ' Εξάμηνο

• Στο Γ΄ εξάμηνο οι φοιτητές υποχρεούνται να επιλέξουν ένα από τα παρακάτω μαθήματα (20 ECTS)

α) Ιατρική-Κλινική Βιοχημεία και Ανοσολογία
β) Ιατρική Μοριακή Γενετική
γ) Νευροεπιστήμες II 
δ) Μοριακή Ανατομική-Κλινική Μοριακή Ιστοπαθολογία
ε) Φαρμακολογία-Τοξικολογία 
στ) Βλαστικά κύτταρα και Αναγεννητική Ιατρική

• Έναρξη Διπλωματικής Εργασίας (10 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Δ' Εξάμηνο 

• Ολοκλήρωση Διπλωματικής Εργασίας (28 ECTS)
• Ειδικά Σεμνάρια (2 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS