Η επιτυχής ολοκλήρωση του προγράμματος περιλαμβάνει την παρακολούθηση και εξέταση 10 μαθημάτων και εκπόνηση ερευνητικής διπλωματικής εργασίας. Η δομή του προγράμματος είναι η ακόλουθη:

Α' Εξάμηνο 

• Βασικές και προηγμένες τεχνικές ανάλυσης βιομορίων (9 ECTS) 
• Εφαρμογές Γονιδιωματικής (6 ECTS) 
• Βιοπληροφορική (5 ECTS) 
• Επικοινωνία της Επιστήμης (4 ECTS) 
• Εφαρμογές της μοριακής βιολογίας στην τοξικολογία, την ιατροδικαστική και την αρχαιολογία (6 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Διαχείριση Καινοτομίας στη Βιοτεχνολογία και τις  Βιοεπιστήμες (6 ECTS) 
• Μικρά Ερευνητικά Προγράμματα (4 ECTS) 
• Διάγνωση γενετικών,λοιμωδών και ανοσολογικών νοσημάτων (7 ECTS) 
• Ανάπτυξη φαρμάκων και εξατομικευμένη θεραπεία (7 ECTS) 
• Καρκινογένεση και μοριακή διάγνωση καρκίνου (6 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS 

Γ' Εξάμηνο 

• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (30 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS

Η γλώσσα διδασκαλίας του Π.Μ.Σ είναι η ελληνική. Η συγγραφή της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας γίνεται είτε στην ελληνική είτε στην αγγλική γλώσσα.