Η επιτυχής ολοκλήρωση του προγράμματος περιλαμβάνει την παρακολούθηση και εξέταση σε 16 μαθήματα καθώς και η εκπόνηση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας. Η δομή του προγράμματος είναι η ακόλουθη:

Α' Εξάμηνο 

• Δημόσια Υγεία και Περιβαλλοντική Υγιεινή, Τρόφιμα και Διατροφικές Ανάγκες του Ανθρώπου (6 ECTS)
• Βασικές Αρχές Επιδημιολογίας - Περιγραφική Επιδημιολογία (6 ECTS)
• Γενική Μικροβιολογία (8 ECTS)
• Περιβαλλοντική Χημεία και Τοξικολογία, Ποιότητα Ατμόσφαιρας και Δημόσια Υγεία (6 ECTS)
• Μέθοδοι Δειγματοληψίας (4 ECTS)

Β’ Εξάμηνο

• Γενικές Αρχές HACCP/ISO 22000, και Προτυποποιημένου Υγειονομικού Ελέγχου (6 ECTS)
• Αναλυτική Επιδημιολογία και Επαγγελματική Υγιεινή (6 ECTS)
• Περιβαλλοντική Μικροβιολογία - Εργαστηριακός Έλεγχος Υδάτων (8 ECTS)
• Αρχές Ενόργανης Ανάλυσης στα Εργαστήρια Ελέγχου Τροφίμων, Υδάτων και Ατμόσφαιρας (6 ECTS)
• Νοσήματα που μεταδίδονται με Διαβιβαστές, Ολοκληρωμένα Προγράμματα Ελέγχου Διαβιβαστών (4 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ’ Εξάμηνο

• Ασφάλεια και Ποιότητα Τροφίμων και Υδάτων και Δημόσια Υγεία (4 ECTS)
• Εργαστηριακός Έλεγχος Τροφίμων (6 ECTS)
• Πρόληψη Τροφιμογενών και Υδατογενών Νοσημάτων και Ορθές Αρχές Υγιεινής Πρακτικής (6 ECTS)
• Προτυποποιημένος Έλεγχος Μονάδων Παραγωγής Τροφίμων και Υδάτων, Εφαρμογές του HACCP στον Τομέα Τροφίμων και Υδάτων. Εκτίμηση Κινδύνου σε Συστήματα Υδάτων (4 ECTS)
• Πιστοποίηση κατά ΙSO 9001/2008, Διαπίστευση Εργαστηρίων και Διοίκηση Ολικής Ποιότητας (TQM) και Γενετικά Τροποποιημένα Τρόφιμα (6 ECTS)
• Διαχείριση Αποβλήτων - Μακροσκοπικός Έλεγχος Σφαγίων Ζώων και Δημόσια Υγεία (4 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Δ’ Εξάμηνο

• Ερευνητική Διπλωματική Εργασία (30 ECTS)

Η γλώσσα διδασκαλίας του Π.Μ.Σ. είναι η ελληνική. Η γλώσσα εκπόνησης διπλωματικής εργασίας είναι η ελληνική.