Το Π.Μ.Σ. «Ψυχολογία Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού» προσφέρει επιλογή ανάμεσα σε δύο προγράμματα σπουδών με διαφορετική διάρκεια (α) Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ) σε «Ψυχολογία Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού» μετά από σπουδές διάρκειας 18 μηνών (τριών ακαδημαϊκών εξαμήνων - 90 ECTS) το οποίο περιλαμβάνει την παρακολούθηση και εξέταση σε 10 μαθήματα και 2 σεμινάρια, καθώς και πρακτική άσκηση, και (β) Δίπλωμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ) σε «Ψυχολογία Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού» μετά από σπουδές διάρκειας 24 μηνών (τεσσάρων ακαδημαϊκών εξαμήνων - 120 ECTS) το οποίο περιλαμβάνει την παρακολούθηση και εξέταση σε 10 μαθήματα και 3 σεμινάρια, Πρακτική Άσκηση, και επιπλέον Ερευνητική Διατριβή.

Η δομή του προγράμματος είναι η ακόλουθη:

1ο εξάμηνο

• Εισαγωγή στο πρόγραμμα και ανάπτυξη δεξιοτήτων επικοινωνίας (Υ-2 ECTS)
• Ψυχολογικές βάσεις του αθλητισμού και φυσικής δραστηριότητας (Y-7 ECTS)
• Ανάπτυξη ψυχολογικών δεξιοτήτων στον αθλητισμό (Y-7 ECTS)
• Ψυχολογία στη σχολική φυσική αγωγή και στο νεανικό αθλητισμό (Y-7 ECTS)
• Μεθοδολογία Έρευνας και Στατιστική (Y-7 ECTS)

2ο εξάμηνο

• Ευρωπαϊκή διάσταση στην ψυχολογία του αθλητισμού και της άσκησης (Ε-7 ECTS) - 1
• Ψυχολογία της άσκησης και αγωγή υγείας (Ε-7 ECTS) - 2
• Τεχνολογίες πληροφορικής και επικοινωνιών στον αθλητισμό και την άσκηση (Ε-7 ECTS)
• Ψυχολογία στην προσαρμοσμένη φυσική δραστηριότητα (E-7 ECTS)
• Ψυχολογία φυσικής δραστηριότητας στην τρίτη ηλικία (Ε-7 ECTS) 
• Ειδικά θέματα στην ψυχολογία του αθλητισμού και της άσκησης (Ε-7 ECTS) - 2
• Σεμινάριο Ψυχολογικών Τεχνικών (Υ-2 ECTS)
• Σεμινάριο Ερευνητικής Διαδικασίας (Υ*)

* Υποχρεωτικό για όσους επιλέξουν το Πρόγραμμα 4 εξαμήνων με Ερευνητική Διατριβή.
1 Εντατικό Πρόγραμμα μίας εβδομάδας
2 Εντατικό Πρόγραμμα μίας εβδομάδας

3ο εξάμηνο

• Δεξιότητες Συμβουλευτικής (Ε - 7 ECTS)
• Αναγνώριση και Παρακίνηση μαθητών που χρειάζονται Φυσική Δραστηριότητα (Ε-7 ECTS)
• Ποσοτική και ποιοτική ανάλυση δεδομένων (Ε/Υ* - 7 ECTS)
• Πρακτική Άσκηση (Ε - 16 ECTS)

4ο εξάμηνο

• Ερευνητική Διατριβή (30 ECTS)

Η γλώσσα διδασκαλίας του Π.Μ.Σ είναι η Αγγλική και σε κάποια μαθήματα επιλογής εφαρμογών η Ελληνική. Η γλώσσα εκπόνησης διπλωματικής εργασίας είναι η Ελληνική και η Αγγλική. Μέρος των μαθημάτων των οποίων το ποσοστό δεν υπερβαίνει το 25% είναι δυνατόν να διδάσκεται με μεθόδους εξ’ αποστάσεως διδασκαλίας.