Tο MΔE περιλαμβάνει θεωρητική διδασκαλία (60 διδακτικές μονάδες/ECTS), και μεταπτυχιακή διατριβή (30 διδακτικές μονάδες/ECTS), η οποία πραγματοποιείται με μεταπτυχιακή έρευνα σε θεματική ενότητα που επιλέγεται από τον υποψήφιο και εντάσσεται στα επιστημονικά ενδιαφέροντα των συμμετεχόντων στο ΠΜΣ μελών ΔΕΠ. Η χρονική διάρκεια ανάπτυξης των δραστηριοτήτων αυτών εκτείνεται σε τρία εξάμηνα.

Η θεωρητική διδασκαλία καλύπτει τα δύο πρώτα εξάμηνα. Tα μαθήματα είναι εξαμηνιαία και προβλέπονται ώρες διδασκαλίας με μορφή θεωρητικών διαλέξεων και μαθήματα με μορφή σεμιναρίων για την ενίσχυση των βασικών μαθημάτων του προγράμματος σπουδών. 

Η δομή του προγράμματος είναι η ακόλουθη:

Α` Εξάμηνο 

• Τα Οικοσυστήματα και οι Υπηρεσίες τους  (6 ECTS)
• Βιοχημεία της Διατροφής (6 ECTS)
• Τεχνολογία και Βιοτεχνολογία Τροφίμων (6 ECTS)
• Διατροφή και Ευζωία (6 ECTS)
• Μικροβιολογία και Βιοτεχνολογικές Εφαρμογές στη Διατροφή και το Περιβάλλον (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β` Εξάμηνο 

• Διατροφική και Περιβαλλοντική Τοξικολογία (6 ECTS)
• Ασφάλεια και Διασφάλιση Ποιότητας Τροφίμων (6 ECTS)
• Επεξεργασία γονιδιωμάτων και βιοτεχνολογικές εφαρμογές (6 ECTS)
• Ποιοτικές και Ποσοτικές Μέθοδοι Ανάλυσης – Βιοδείκτες (6 ECTS)
• Σύγχρονες Προσεγγίσεις της Βιοτεχνολογίας στη Διατροφή και το Περιβάλλον (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ` Εξάμηνο 

• Πρακτική Κατάρτιση σε Προηγμένες Εργαστηριακές Μεθόδους (6 ECTS)
• Διατριβή Μεταπτυχιακής Ειδίκευσης (24 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Η γλώσσα διδασκαλίας του Π.Μ.Σ. είναι η Ελληνική. Η γλώσσα εκπόνησης διπλωματικής εργασίας είναι η Ελληνική. Υπάρχει όμως η δυνατότητα συγγραφής στην αγγλική γλώσσα κατόπιν απόφασης της Συντονιστικής Επιτροπής.