Το νέο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) του Τμήματος  με τίτλο «Ποιότητα, Παραγωγή και Διοίκηση στη Βιομηχανία Τροφίμων», έχει υποβληθεί προς πιστοποίηση στην ΕΘΑΑΕ και διαδέχεται το προηγούμενο («Συστήματα Διαχείρισης Ποιότητας και Οργάνωσης Παραγωγής στη Βιομηχανία Τροφίμων»), διευρυμένο και προσαρμοσμένο στις σύγχρονες απαιτήσεις της Επιστήμης Τροφίμων, των τεχνολογικών εφαρμογών και της αγοράς εργασίας. Το πρόγραμμα θα ξεκινήσει να δέχεται αιτήσεις φοιτητών μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας πιστοποίησης (Άνοιξη 2024).

Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών έχει ως αντικείμενο την παροχή στους φοιτητές του προωθημένων γνώσεων και δεξιοτήτων σε επιστημονικά πεδία της Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων που έχουν σχέση με τη διοίκηση μονάδων παραγωγής τροφίμων, τη διασφάλιση της ποιότητας και την ορθολογική οργάνωση της παραγωγής τους σε βιομηχανική κλίμακα.